Organic Chemistry Resources Worldwide

 O portal  organic-chemistry.org é bastante conhecido, mas encontrei recentemente uma outra fonte de informação sobre química orgânica e afins bastsante interessante. É o Organic Chemistry Resources Worldwide que além de informações e línks úeis à comunidade sintética, traz uma seção de oportunidades de trabalho, onde podem ser encontrados diversas oportunidades de pos-doc. Vale apena conferir

Oxidação com NaH, a saga continua.

Quem acompanha a literatura deve se lembrar que na metade do ano passadao foi publicado um JACS onde álcoois eram oxidados utilizando NaH!

 O fatídico artigo causou reboliço, com direito a um liveblogging no Totallysyntetic (que eu acompanhei ao vivo!). Tanto se falou no assunto que os editores do JACS retiraram o artigo da revista.

Pois bem, essa semana acaba de saír um TL de um grupo coreano, muitíssimo parecido (para não dizer idêntico), onde é utilizado o mesmo protocolo do JACS dos chineses na oxidação de benzoínas (2 eqv de NaH em THF). E o que chamou muita minha atenção é que os chineses do JACS não foram citados pelos coreanos! Pelo menos neste artigo eles levam em consideração o papel do oxigênio neste processo.  É bem verdade que esse mecanismo é meio esquisito, mas pelo menos não foi proposto a maluquice que foi proposta no JACS dos chineses.

Mas a informação mais bizarra a meu ver, é o fato de que foi utilizado THF desoxigenado e ainda foi observado o produto de oxidação...

Para mim essa transformação bizarra não acontece sem oxigênio, ou seja esse THF ainda tinha O2 dissolvido! Na verdade o oxidante é o O2 e não o NaH! Uma alternativa mais plausível  para esse mecanismo é um  mecanismo radicalar, onde o átomo de H deve  sair  como radical H tendo o O2  como aceptor.

Acho que novamente os referees paparam mosca. Um simples experimento na presença de um trapeador de radicais livres poderia dar informações a respeito do mecanismo radicalar.

Vamos esperar para ver como esta história acaba... mas como TL não é JACS talvez não tenha estardalhaço.

Terminologias precisas em estereoquímica

Estereoquímica é uma parte complicada da química orgânica e que muitas vezes pode derrubar muita gente boa. E a confusão feita com algumas terminologias  podem gerar equívocos importantes. Muitas afirmações presentes em livros de graduação não estão completamente corretas. Devemos lembrar que a estereoquímica é fundamentada na teoria de grupos e simetria, temas nem sempre dominado por químicos orgânicos... Não é comum encontrarmos confusão entre centro estereogênico e centro quiral. Visando elucidar essa confusões recomendo a leitura do trabalho publicado no Journal of Chemical Education em 2006. (Precision in Stereochemical Terminology). Neste trabalho encontramos várias correções feitas a afirmações comumente encontradas em livros didáticos de química orgânica.

Impurezas no RMN

Extraído do BLOG Curly Arrow:

Papers clássicos e bastante úteis sobre impurezas no RMN.
Aqui e Aqui

(+ )-Fastigiatina

A despeito da importância biológica, alcaloides pentacíclicos com estrutura truncada são um grande desafio do ponto de vista sintético. Essas estruturas não são facilmente visualizadas no papel sendo os modelos de química de grande ajuda na concepção das desconexões destas.  Este JACS, publicado pelo grupo do Matthew D.Shair, traz uma abordagem biomimética, inspirada na biossíntese do alcaloide lycodine.

A desconexão principal da abordagem é entre C13 e C4 via uma reação de Mannich transanular. A flexibilidade da rota me chamou atenção, pois a partir do intermediário 5 seria possível vários caminhos alternativos para construção do esqueleto do intermediário avançado.

 Na etapa de ciclização ( de 14 para 16) temos um exemplo bastante ilustrativo da importância da utilização de grupo de proteção, onde o grupo nosil foi fundamental no processo de ciclização. 

 O esqueleto pentaciclico do alvo final foi obtido pelo aquecimentode 16 em trifluoroetatol, o processo de ciclização passa primeiramente or uma retro-aldol, seguida pela formação do íon imínium e posterior reação de Mnnich transanular. Os autores conjecturam que a facilidade do processo de ciclização, sugere que um intermediário tipo 4 pode estar envolvido no processo biossintético. Pode até ser... Mas acho que a disposição espacial dos grupos e a conformação amarrada não deixa muita opção para que aconteça outra coisa.

 E por fim descarboxilção e acetilação completa a síntese da (+)-Fastigiatina em 15 etapas e em 30% de rendimento global.

SN2 em carbono terciário, quebrando paradigmas!

Aprendemos nas disciplinas de química orgânica que em carbono terciário alquílicos substituiçãoes nucleofílicas  são do tipo Sn1, ou seja passam por carbocátion! 

Mas esse paradigma foi quebrado recentemente. Saiu no JACS um trabalho ondo no sistema 1,4,7-trimetiloxatriquinano ocorre Sn2, em carbono terciário, comprovado por estudo cinético!

 Talvez seja a exceção que confirma à regra!

Excelente exemplo da importância da síntese orgânica!

Extraído do Blog: Química de produtos naturais

"Mycobacterium tuberculosis é o agente patogênico causador da tuberculose pulmonar. Cerca de 1/3 de toda a população mundial está infectada com M. tuberculosis. A forma de tratamento é a administração de antibióticos durante 6 meses, de forma ininterrupta. A interrupção deste tratamento pode levar ao desenvolvimento de resistência por parte do M. tuberculosis, tornando a cura praticamente impossível. Existem poucos antibióticos para tratar tuberculose. Por isso, existe um grande interesse na descoberta de novas formas de tratamento desta doença.

Artigo publicado no Journal of the American Chemical Society no fim do ano passado apresentou o isolamento de um composto chamado de edaxadieno, um metabolito secundário produzido por Mycobacterium tuberculosis. Não cabe aqui a explicação de como os autores chegaram a esta descoberta (que está descrita no artigo de Mann et al., 2009). E sim mostrar um erro primário que os autores cometeram.

A estrutura apresentada para o edaxadieno é a ilustrada a seguir, com o deslocamento químico de RMN ¹³C assinalado para o carbono 13 (C-13). O deslocamento químico deste carbono é de δ 72,9. Valor alto para um carbono quaternário substituído por 4 carbonos. Mas, os autores indicaram no material suplementar do artigo que existe uma correlação à longa distância entre o grupo metilideno terminal (=CH₂) e o carbono C-7. Evidentemente que tal correlação só se justifica se o grupo metilideno estiver “conectado” ao anel central da estrutura.

Porém, como justificar o deslocamento químico de δ 72,9 de C-13?

Quando se desenha a estrutura do edaxadieno com o programa ChemDraw e se utiliza a ferramenta de simulação de deslocamento químico de ¹³C para os carbonos da estrutura, obtém-se os valores que estão indicados na estrutura a seguir (à direita). Nota-se que o valor do deslocamento químico de ¹³C do carbono C-13 é bem diferente do atribuído pelos autores: δ 40,5. Nota-se, ainda, que as diferenças de deslocamento químico mais pronunciadas são aquelas atribuídas aos carbonos 7, 8, 9 e 13. A análise por espectrometria de massas de alta resolução do composto isolado de M. tuberculosis indicou a fórmula C₂₀H₃₂, compatível com a fórmula do edaxadieno. A estrutura do edaxadieno foi publicada como sendo de um esqueleto de carbono totalmente inédito.

 Meses depois, os mesmos autores publicaram artigo na revista Organic Letters, argumentando que a biossíntese do edaxadieno não parecia ser plausível. E que, além do mais, se fosse considerada a estrutura indicada a seguir para o produto natural isolado de M. tuberculosis, este composto poderia facilmente desidratar durante a análise por espectrometria de massas, levando à formação do íon [M-H₂O]⁺, de fórmula C₂₀H₃₂. Os autores sintetizaram o composto indicado a seguir, conhecido como nosibercol (originalmente isolado de uma esponja marinha, Raspaillia sp. Ver Rudi et al., 2004). E verificaram que este era idêntico ao composto isolado de M. tuberculosis. Mais recentemente, os autores do artigo original de isolamento publicaram uma errata no Journal of the American Chemical Society (Mann et al., 2010).

 

Mais recentemente, Spangler et al. (2010) sinetizaram dois compostos modelo para testar a hipótese estrutural do edaxadieno. As estruturas estão indicadas a seguir. Como pode se verificar, os deslocamentos químicos dos carbonos correspondentes ao carbono 13 da estrutura do edaxadieno concordam MUITO BEM com o valor calculado para a suposta estrutura do edaxadieno (ver acima, a simulação com o programa ChemDraw).

Quais lições pode-se tirar desta história?

Analise seus dados experimentais com muito cuidado. Qualquer incompatibilidade com dados que seriam esperados (por modelagem, como, por exemplo, utilizando o programa ChemDraw) deve ser analisada com muito mais cuidado, antes de se tomar uma decisão definitiva, neste caso, de se propor uma estrutura química totalmente inédita. Em caso de dúvida, é melhor testar outras hipóteses.

Este é um bom exemplo para se utilizar em aula de análise estrutural avançada de compostos orgânicos. Ou para se demonstrar o valor da síntese orgânica para se comprovar propostas estruturais"

E viva a síntese orgânica!

"Lá fora" a coisa está preta!

O editorial da última edição da Organic Process Research & Development chamou minha atenção. Com o título "Is there a Future for Organic Chemists in the Pharmaceutical Industry outside China and India?" é chamada a atenção para o número de industrias que estão sendo fechadas ou transferidas na europa e nos EUA. Fico imaginando, se a coisa está ruim lá, imagina aqui! então fica a pegunta: Existe futuro para químicos orgânicos no Brasil?

Química pela química!

Direto do Totally synthetic.com... Artigo bastante interessante, mas o que eu mas gostei nõa foi  da química e sim a motivação para fazer a molécula! "Although urechitol A itself exhibited no biological activity, its unique tetracyclic structure prompted us to investigate its synthesis".

Fica a pergunta, um projeto desses sem o blá-bla-ba de atividade biológica seria aprovado por nossos órgãos de sofrimento fomento?

Aplykurodinone 1

Pela terceira vez Paul Docherty (Totally sinthetic) sai na minha frente e posta a mesma molécula que estava preparando para postar... menos trabalho p/ mim! Aplykurodinone 1 é um esteroide com pronunciada atividade antitumoral, e foi preparado pelo grupo do Danishefsky, publicado no JACS(DOI: 10.1021/ja1035495) mês passado. Vale apena conferir o Post na coluna chemistry world da RSC e também o trabalho. Chamo atenção para a estratégia para controlar a esterioquímica de C8.

Quais os requisitos para uma síntese ideal?

Phil Baran tenta responder a pergunta acima no JOC perspective (DOI: 10.1021/jo1006812) que está no ASAP desse mês.

Baseado nas idéias de Hendrikson de 1975 do que seria uma síntese ideal, Phil Baran analiza as sínteses totais realizadas em seu laboratório nos últimos 7 anos na ótica da idealidade. Tem até um % de idealidade!

 

Eis algumas moléculas analizadas. Reparem que foram feitas apenas nos últimos 7 anos!

Segundo esse conceito ele ranqueia as sínteses:

Não esqueçam que esse caboclo estará no próximo BMOS!!

Borohidreto de sódio+Iodo, ótima combinação para reduzir ácidos carboxílicos!

Para os mais cascudos esse post pode ser besta, mas como tem muito novato acompanhando o blog, acho interessante esse post.

Classicamente para reduzir ácidos carboxílicos aos álcools correspondentes utilisamos hidreto de lítio e alumínio, o que geralmente funciona muito bem, contudo a disvantagem é o preço! (100 g R$ 597,00).

Recentemente estava tendo resultados ruins na redução da prolina ao prolinol utilizando a metodologia classica com hidreto de lítio e alumínio, então lembrei-me de que uma vez um camarada meu disse que borohidreto de sódio faz milagres... Então utilizei uma metodologia meio antiga para redução de ácidos utilizando borohidreto de sódio na presença de Iodo molecular. O que resolveu totalmente meu problema e ainda com a vantagem de ser um pouco mais barato (100g R$ 396). Mas preços a parte no meu caso a reação foi bem mais limpa!

Abaixo o mecanismo proposto no artigo original:

O que ocorre é a gerção da borana in situ.

Reator fotoquímico em fluxo.

ASAP do TL. Pesquisadores da Abbott desenvolveram uma engenhoca bastante interessante, um reator fotoquímico em fluxo, apesar dos resultados demonstrados não serem muito gerais, a engenhoca tem potencial.

Capa do Blog: Diazonamide A

Depois de quase 60 minutos de procura pelo livro de onde tirei a figura da capa do Blog, finalmente me lembrei do nome da bendita: Diazonamide A. A "molequinha" foi preparada por: Nicolaou and Harran e recentemente por Lynch.

Acetona e peneira molecular!!

Post bastante interessante a respeito da combinação de Acetona e peneira molecular, postado no blog curlyarrow